“一卡通”系统在使用中将受到许多来自外部恶意攻击、破坏性使用和系统本身内部使用不当等带来的安全隐患。重庆一卡通公司建议一卡通系统必须遵循安全设计的基本原则，按照银行PBOC标准的密钥体系，采用主密钥、工作密钥、扇区种子密钥、卡片扇区密钥、个人密码种子密钥、卡片个人密码密钥六个密钥组成数字化校园一卡通系统的密钥体系，确保了从设计、开发、管理、使用和维护等各环节的安全性，达到七大目标：卡安全、终端安全、交易安全、网络安全、系统安全、数据安全和应用安全。